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“我们开发了相应的算法‘centi-dyna’,并设定了阈值:其动态中心性指数必须稳定高于0。85。”
屏幕上开始动态演示一个复杂的蛋白互作网络,其中数个节点散发出强烈的光芒。
台下一位计算生物学家忍不住倒吸一口凉气。0。85!这个阈值高得惊人,意味着几乎不允许有任何波动。
“第二标准是功能整合权重。”
陆时羡没管众人的惊叹,而是继续介绍道:“一个蛋白仅仅位于网络中心是不够的,它必须能证明自己实质性地整合了来自不同上游通路的信息,并向下游多个功能模块发出协调指令。”
他展示了一系列精密的实验数据与数学模型:“我们构建了‘功能整合权重’模型,通过量化其输入信息的多样性与输出指令的全局影响力,来评估其整合能力。权重低于0。7的蛋白,将不被纳入枢纽蛋白范畴。”
这一标准,直接将那些虽连接众多但只是“信息中转站”的蛋白剔除出去,直指真正的“决策者”。
“第三标准是表型调控强度。”
画面切换,展示的是利用繁缕研究院独有的高通量基因编辑与单细胞测序技术平台,对成千上万个潜在枢纽蛋白进行系统性敲除或扰动后的表型分析结果。
“最终的裁判,是细胞本身。”陆时羡的语气斩钉截铁:“我们要求,枢纽蛋白的失活或异常,必须能在单细胞分辨率上,引发显着、特异、且跨越多个细胞功能模块的综合性表型。其表型调控强度指数需大于等于8。5。空有网络地位而无实际功能掌控力者,不足以称‘枢纽’!”
这个清晰的核心体系让在场学者纷纷点头。
剑桥大学的哈灵顿教授低声对助手说:这就像门捷列夫制定元素周期表,他正在为细胞生物学建立新的秩序。
三大标准,环环相扣,从网络拓扑结构到功能验证,从计算预测到实验实证,构建了一个逻辑严密、要求极其苛刻的鉴定体系。
会场内一片寂静,所有人都被这前所未有的高标准和系统性震撼了。
陆时羡给了众人片刻消化的时间,然后缓缓说道:“基于以上标准,我们对人类细胞中超过两万个高置信度蛋白进行了系统性评估。”
“初步结果表明,符合枢纽蛋白严格定义的,目前仅有127个。”
一个具体的数字,让现场的震撼达到了。
数万个蛋白中,仅有127个!
这是何等的精益求精!
“这127个枢纽蛋白,构成了细胞功能大厦的‘承重墙’与‘调度中枢’。”陆时羡的声音带着一种引导性的力量。
“理解它们,靶向它们,将为我们理解细胞命运抉择、疾病发生机理、乃至开发新一代精准医疗策略,提供前所未有的清晰视角和强大杠杆。”
他随即展示了几个范例。
一个过去被认为只是普通信号分子的蛋白,如何被证明是协调细胞代谢与自噬的核心枢纽;一个功能未知的蛋白,如何被揭示出是维持基因组结构稳定性的关键调度者……
每一个案例都辅以海量的、无可辩驳的数据,其分析深度与视野广度,令在场专家叹为观止。
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