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一杯清茶,两台打开的笔记本电脑,一场关乎生物学未来的对话就此展开。
这是生命设计大科学装置的最新设计方案。陆时羡将文件打开,一个精细的三维模型悬浮在屏幕中央。
四大核心装置的位置和连接方式都在这里。
张封仔细查看着模型,手指轻点,将生物分子智能设计平台的部分放大:这个平台的自动化程度,比我在mit的设想还要超前。
不错。陆时羡点头:我们计划在这里整合高通量基因合成、自动化筛选和实时表征系统。但最关键的部分,还是需要你的专业知识。
他调出一份详细的技术文档:特别是在复杂遗传回路的构建方面,现有的工具还远远不够精准。
张封从自己的电脑中调出一组数据:这正是我最近在思考的问题。你看,这是我们开发的新型引导rna库,它在特异性上比现有系统提升了三倍以上。
两人的讨论迅速深入技术细节。
从基因编辑工具的递送效率,到如何在细胞中实现多重基因的同步调控;从如何避免脱靶效应,到如何将编辑过程与枢纽蛋白的动态监测相结合。
我有个想法。张封突然说道,如果我们能够将crispr系统与你的枢纽蛋白理论结合,或许可以开发出一种智能编辑器,它能够根据细胞的状态,自主决定在什么时间、什么位置进行编辑。
陆时羡的眼睛亮了起来,灵感如同涓涓细流一样接续而来:这个想法很有价值。我们可以利用枢纽蛋白作为生物传感器,实时调控基因编辑工具的活性。
在张锋提出将crispr系统与枢纽蛋白理论结合的构想后,陆时羡立即洞察到了这个想法背后深厚的理论依据。
他走到办公室的白板前,开始系统地勾勒出智能编辑器的理论框架。
这个构想的核心,在于将基因编辑从开环控制升级为闭环调控陆时羡在白板上画出一个简单的框图,现有的crispr系统就像是预先设定好目标的导弹,一旦发射就无法更改。而我们要做的,是赋予它实时感知和自主决策的能力。
他继续深入描述道:理论依据可以从三个层面来理解:
“第一,在信息感知层面,枢纽蛋白可以作为细胞状态的传感器。”
枢纽蛋白的核心特征,在于它们能够整合多维度的细胞信号并处于调控网络的核心位置。陆时羡在白板上画出几个枢纽蛋白的相互作用网络。
比如,当dna损伤发生时,p53这个枢纽蛋白会被激活。当细胞处于氧化应激状态时,nrf2会发生核转位。如果我们能够将这些枢纽蛋白的活性状态与基因编辑系统耦合,就等于为编辑器装上了感知细胞状态的。
看见张封点了点头,陆时羡继续说道。
“第二是逻辑决策层面,基于生物分子电路的智能调控。”
这是最关键的一步。陆时羡的笔触变得有力:我们可以设计这样的调控逻辑:只有当特定的枢纽蛋白a处于激活状态,且枢纽蛋白b处于抑制状态时,基因编辑系统才会被启动。”
“更进一步,我们还可以引入强度依赖的调控,编辑器的活性与枢纽蛋白的激活程度成正比。这就构建了一个基于细胞内在状态的智能决策系统。
此时的陆时羡越说越兴奋。
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